Durante el transcurso de los siglos XIV y XV el palacio era una fortaleza que dominaba la Comarca del Aranda y que disponía todas sus estancias en torno a un patio central abierto. De esta época han llegado hasta nosotros la Sala Dorada o Salón de Protocolos y la Alcoba privada donde nació Benedicto XIII.

En el siglo XVI y XVI, Don Pedro Martínez de Luna, Primer Conde de Morata y Virrey de Aragón, promueve la transformación de la fortaleza a una apariencia más palaciega. Posiblemente la inspiración se encuentre en la fachada principal del Palacio Ducal de Urbino (Italia), lo que exalta la influencia del Renacimiento italiano en tierras aragonesas.

La Sala Dorada o Salón de Protocolo es una de las más antiguas estancias conservadas del castillo-palacio, además de ser el actual eje que articula el resto del conjunto. Se trata de una sala de especial interés construida en el siglo XIV, recibe el nombre de Sala Dorada por la decoración dorada conservada del alfarje que cubre este espacio que se encuentra íntegramente decorado con motivos heráldicos de la familia de los lunes además de motivos decorativos mudéjares.

La alcoba donde se ha supuesto que nació Benedicto XIII, es una pequeña estancia en la que destaca el friso que la recorre, realizado en yeso y con motivos de arcos apuntados entrecruzados y pintados en tonos rojos, blancos y azules, sobre el que se sitúa el alfarje de madera.

La actual Sala del Mausoleo es la antigua capilla privada del castillo, transformada en los siglos XVI y XVII. Desde el siglo XV fue el lugar elegido para que reposasen los restos del Papa Luna, hasta los avatares ocurridos durante las Guerras de Secesión.

En la Sala de la Corona de Aragón, espacio construido en el siglo XVII, destaca el friso de madera decorado con motivos tallados de hojas, ovas, dados y columnillas torneadas